Contexte

La vaccination contre le virus SARS-CoV-2 a permis une diminution importante du nombre d’hospitalisations et de la mortalité due au COVID-19. En raison d’une résurgence des contaminations avec l’émergence de nouveaux variants et de la baisse d’efficacité des vaccins à distance de de la primo-vaccination, un premier rappel (3e dose) fin 2021 et un deuxième rappel (4e dose) en 2022 ont été recommandés. L’objectif de cette étude était d’estimer le niveau et la durée
de l’efficacité des doses de rappel contre le risque d’hospitalisation pour COVID-19 lié aux variants Omicron BA.4 et BA.5.

Méthodes

A partir des données du SNDS chaînées aux données des systèmes nationaux d’information sur la vaccination contre le COVID-19 (VAC-SI) et sur les tests de dépistage du SARS-CoV-2 (SI-DEP), nous avons mené une étude de type cas-témoins appariés. Nous avons calculé, pour les 60 millions de résidents en France âgés de 12 ans et plus, un score individuel de risque d’hospitalisation pour COVID-19 basé sur les facteurs de risque identifiés parmi les personnes avec une primo-vaccination complète en 2021, incluant l’âge, le sexe, la région et l’indice de défavorisation de la commune de résidence, les comorbidités et la prise d’immunosuppresseurs ou de corticoïdes oraux. Chaque cas d’hospitalisation pour COVID-19 survenu entre le 1er juin et le 15 octobre 2022 a ensuite été apparié sur l’année de naissance, le sexe, le département et le score de risque d’hospitalisation pour COVID-19 à 1 à 10 témoins non hospitalisés pour COVID-19. A l’aide de modèles de régression logistique conditionnelle multivariable (ajustés entre-autres sur les antécédents d’infection par le SARS-CoV-2 i.e. test positif ou hospitalisation pour COVID-19), nous avons estimé l’efficacité des doses de rappel vaccinal sur le risque d’hospitalisation pour COVID-19 globalement et selon le délai depuis la dernière dose reçue, en considérant comme statut vaccinal de référence : i) l’absence de vaccination ; ii) la primo-vaccination complète (2 doses) ; iii) pour la deuxième dose de rappel (4e dose), la primovaccination complète suivie d’une première dose de rappel (3 doses). Cette dernière analyse a été
stratifiée sur les antécédents d’infection par le SARS-CoV-2 post-3e dose.

Résultats

Un total de 38 839 cas (soit plus de 99% de l’ensemble des individus hospitalisés pour COVID-19 entre le 1er juin et le 15 octobre 2022) ont été appariés à 377 653 témoins non hospitalisés (94% des cas étaient appariés à 10 témoins). La moyenne d’âge des cas comme celle des témoins était de 75 ans. La part des individus non vaccinés était de 19,2% chez les cas contre 9,9% chez les témoins, tandis que respectivement 53,9% et 55,4% avaient reçu 3 doses (depuis 7,5 mois en moyenne dans chaque groupe) et 14,3% et 22,3% avaient reçu 4 ou 5 doses (depuis 3,5 mois et 2,8 mois en moyenne, respectivement). Les antécédents d’infection à SARS-CoV-2 conféraient, après un ajustement multivariable incluant le nombre de doses de vaccins, une protection contre le risque d’hospitalisation estimée à 60% [IC95% 58% ; 62%] lorsque l’infection avait lieu avant la période de prédominance du variant Omicron et à 74% [IC95% 73% ; 76%] pendant la période de prédominance du variant Omicron.

Comparée à l’absence de vaccination, la primo-vaccination complète (2 doses) avait une efficacité sur le risque d’hospitalisation pour COVID-19 estimée à 45% [IC95% : 42% ; 47%] et les doses de rappel respectivement à 56% [IC95% : 55% ; 57%] pour la première dose de rappel (3e dose) et 75% [IC95% : 74% ; 76%] pour les 4e et 5e doses. L’efficacité était la plus élevée dans les deux premiers mois suivant la dernière dose administrée (82% [IC95% : 80% ; 83%]) puis diminuait ensuite pour atteindre 52% [IC95% : 50% ; 54%] au-delà de neuf mois après l’injection (10,7 mois en moyenne).

Comparée à la primo-vaccination, l’efficacité additionnelle d’une dose de rappel (3e, 4e ou 5e dose) était estimée à 69% [IC95% : 67% ; 71%] dans les deux premiers mois suivant l’injection, 55% [IC95% : 53% ; 58%] entre deux et quatre mois, 30% [IC95% : 26% ; 33%] entre quatre et six mois et 22% [IC95% : 19% ; 25%] après six mois (8,1 mois en moyenne). L’efficacité additionnelle du deuxième rappel vaccinal (4e dose) par rapport au premier rappel (3e dose) était estimée à 44% [IC95% : 42% ; 46%]. On retrouvait ce même niveau d’efficacité chez les individus sans antécédent d’infection post-3e dose (89% des individus), tandis qu’il n’y avait pas de bénéfice chez les individus présentant un antécédent d’infection post-3e dose. L’efficacité de l’immunité hybride (i.e. efficacité conjointe de la deuxième dose de rappelet d’une infection post-3e dose) était estimée à 82% [IC95% : 78% ; 84%] comparativement à des personnes ne bénéficiant pas d’une deuxième dose de rappel (4e dose) et n’ayant pas eu d’infection post-3e dose.

Conclusion

La vaccination est restée efficace contre le risque d’hospitalisation pour COVID-19 en cas d’infection par les sous variants Omicron BA.4 et BA.5, qui prédominent encore à ce jour. Son niveau d’efficacité était d’autant plus important que le nombre de doses reçues était élevé ou que le délai depuis la dernière dose était court. Les doses de rappel ont permis de diminuer le risque d’hospitalisation, mais la protection restait limitée dans le temps.